【无机纳米材料科研制图——OriginLab 0204】Origin细胞存活率柱状图绘制

1. 【无机纳米材料科研制图——OriginLab 0204】Origin细胞存活率柱状图绘制

       此篇，我们来分享一个设计到生物实验的重要制图，就是细胞的存活率柱状图。
                                          
 
  
  
 一、柱状图绘制
  
        1）准备数据。
  
        一般，我们使用MTT法测细胞的生存率时，需要测试多个浓度下（此篇设定了对照组0和浓度分别为31.25、62.5、125、250、500 μg/mL的细胞）的细胞存活率，而为了提高检测准确性和稳定性，每个浓度的细胞在96孔板中要测三个孔。而酶标仪的原理是通过检测穿过每个孔的单色光的光信号变化，并经过一系列的算法还原出一个光密度值OD，来体现单个孔中的细胞相对数量。因而，下图中我们自主设定了六个浓度的细胞，且每个浓度有三个孔的光密度值。
                                          
        2）计算均值和标准差。
  
        因为我们最后的柱状图是以每个浓度下三个数据的均值为主制图，而三个数据的标准差作为误差标记出每个柱的误差棒，因而，需要计算每个浓度下数据的均值和标准差。那么，Origin作为一个数据分析和绘图软件，当然为我们配备了这样的功能。如下图所示步骤操作，再选定三个Y列之后，打开描述性统计对话框。
                                          
        由于已经提前选好了数据范围，所以直接点击确定即可。
                                          
        如下图所示，点击确定后，新产生的两列数据就是前面每个浓度下数据的均值和标准差。
                                          
        3）尝试制图。
  
        如下图所示，在做柱状图前先更改下均值的几个名称。
                                          
        接着，选中A(X)、Mean(Y)、SD(yEr?这三列之后，点击Plot——》Column/Bar/Pie——》Column即可绘制柱状图。
                                          
        如下图所示，柱状图的效果不是很理想，因为每个柱子位于实际坐标位置因而间距不均匀。
                                          
        4）替换横坐标数值。
  
        现在，重新添加三列数据，第一列为X属性，数据为1到6，第二列和第三了分别为复制前面的均值和标准差。注意，第二列的属性要设置为Y，而第三列要设置为Y Error。
                                          
        同时框选新添加的三列数据，然后绘制Column柱状图。可以看到，现在各柱间距是相等的，然后，我们准备将当前的横坐标替换为0 31.25 62.5 125 250。
                                          
        双击横坐标值，会自动弹出到Tick Labels分页，在Display子分页中，将Type类型改为Tick-indexed dataset坐标索引数据集，然后在Dataset Name中选择表格第一列，即A"Concentation"。
                                          
        确定之后，如下图所示，横坐标已经替换为了正确的细胞浓度。
                                          
 
  
  
 二、柱状图优化
  
        1）更改柱体颜色。
  
        这里必须双击柱体的边框，才能打开绘制细节的修改面板。在Pattern图案分页下，主要有两种修改对象，一个是Border边框，一个是Fill填充。看到这里，熟悉Office的同学应该能感觉到，这边框和填充是Word和PPT中对图案的常用修改模式。下图中，我们将柱体的填充颜色改为了红色。而对于其他的可改项，大家可自行尝试。
                                          
        2）更改柱间距。
  
        将制图细节面板切换到Spacing空间分页，可修改柱间距（其实是ErrorBar误差棒的间距，因为棒在柱的中间，所以用Gap Between Bars描述起来更准确）。如图所示，我们将原先默认的20%增加到了40%，可以看到柱间距明显增大了一些，看起来更舒适。
                                          
        3）可更改Error Bar。
  
        双击图中的Error Bar可打开对误差棒的修改面板，或是将Layer1中的选项切换到第二个，也可打开此面板。大家可自行尝试对Error Bar的一些修改。
                                          
        4）单独修改柱体填充颜色。
  
        首先 ，要改变单个柱体的填充颜色，就要先单独将其选中。对于Column类型的图，想要单独选中，需要按住ctrl键，然后鼠标点击某个柱体才行。
                                          
        接着，再双击已被选中的柱体，即可打开对其细节单独修改的面板。如下图所示，细节面板左侧的层次图中多出了一个2的数据，这正是我们所单独选取的柱体。而分页选项中，已经缺少了Spacing，这是理所应当的，因为对于单个物体谈何相距。下图中，我们已将第二个柱体的颜色改为了橙色。
                                          
 
  
  
 三、柱状图归一化。
  
        还有一件事没有完成，即细胞活性的纵坐标单位是百分比，因此，对比组的细胞生存率应该调整为100%，相应的，其他列的数据也要以相同倍数调变。
  
        1）打开Set Values面板。
  
        选中需要改变数据的一列，然后右键，再弹出的选项列表中选择Set Column Values，即设置列值。
                                          
        2）填写函数脚本。
  
        将会话框中的函数补全为Col(F)/0.95*100，点击Apply后，即可将对照组的细胞存活率调整为100%，而其他不同浓度的细胞存活率也以相应的倍数放大。
                                          
        同样的，Error Bar中的数据也要以相同的倍数改变 。此时，注意所写函数要与实际列相对应，即Col(G)=Col(G)/0.95*100。
                                          
        此时，再看柱状图，结果便不一样了（改变数值后，原图可能会容纳不下新的柱体，因此需要适当调整纵坐标范围）。另外，从下图中也可看出，Book的第四个参数F(x)=也付出水面了，这里是显示我们补写函数的地方。
                                          
 
  
  
 四、总结
  
        回顾，此篇我们用到的功能有：描述性统计辅助计算均值和标准差、柱状图制图、横坐标数值替换、更改柱体颜色、更改柱间距、更改误差棒、单独修改柱体颜色、函数脚本更改列值。